La culture de la tomate au Burkina Faso (BF) fait face à divers bioagresseurs qui occasionnent des baisses de rendement importantes. Cette thèse visait à identifier et à caractériser les agents fongiques pathogènes impliqués, et développer des stratégies de protection intégrée afin de contribuer à l’amélioration de la qualité sanitaire et de la productivité de la tomate au Burkina Faso.
Une prospection a été réalisée dans les sites maraichers de 11 des 13 régions du BF. Les espèces du genre Fusarium ont été les agents fongiques les plus abondants sur l’ensemble des échantillons analysés avec plus d’une centaine de souches. La caractérisation moléculaire et l’analyse phylogénique à partir des régions EF1-α, CmdA, RPB2 and IGS du génome de 93 d’entre elles a mis en évidence une diversité d’espèces regroupées en trois complexes d’espèces. Le complexe d'espèces F. incarnatum-equiseti était représenté par 61 souches, réparties dans cinq clades d'espèces soutenus, correspondant principalement, par ordre décroissant, à F. duofalcatisporum, F. compactum, F. incarnatum. Le complexe d'espèces F. oxysporum comprenait 29 souches dont 16 d’entre elles ont été identifiées comme F. languescens. Fusarium acutatum a également été identifié et représenté par trois souches. En outre, deux clades originaux, de cinq et quatre souches du Burkina Faso, respectivement) ont conduit à la description de deux nouvelles espèces dénommées F. tuberculatum et F. tiganicum. Des isolats des trois complexes se sont révélés pathogènes sur la tomate en causant la fonte de semis, la pourriture du collet et des racines ainsi que des flétrissements vasculaires.
La recherche de solutions pour réduire l’impact de ces agents fongiques sur la tomate a conduit à l’exploration de trois pistes : la recherche de variétés de tomate tolérantes et d’agents de contrôle biologique ou d’extraits botaniques utiles. Nos expérimentations ont mis en exergue l’intérêt des biopesticides végétaux (Syzygium aromaticum et Azadirachta indica) et microbiens d’origine fongique (Trichoderma harzianum) ou bactérienne (rhizobactéries) qui, combinés aux variétés résistantes (Raïssa et Jampact) ou tolérantes (Cobra et Mongal) et aux bonnes pratiques culturales, peuvent contribuer à une meilleure contre le flétrissement vasculaire dû à F. languescens.
Née à Batéra en Côte d’Ivoire, TIENDREBEOGO Assiata, a obtenu ses diplômes d’ingénieur agronome (2011) et de DEA en phytopathologie (2014) à l’Université polytechnique de Bobo-Dioulasso. Elle poursuit ses études doctorales à l’UCLouvain, Belgique, et à l’Université Nazi Boni, Burkina Faso, de 2018 à 2023.