Equipements et services

Procédures pré-analytiques

• Extracteur automatique : BioRobot EZ1 Workstation (Qiagen)

• Dosage des acides nucléiques :
  • Spectrophotomètrie à microvolume UV-Vis : Nanodrop ND1000 (Nanodrop)
  • Fluorimétrie : Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, life technologies)

• QC (ADN, ARN, protéines) : Bioanalyzer 2100 (Agilent)

Microarrays

• Station d’hybridation et Four à hybridation :
  • GeneChip Fluidics Station 450 (Affymetrix)
  • GeneChip Hybridization oven 640 (Affymetrix)
  • Hybridization oven G2545A (Agilent)

PCR quantitatives

• Conventional PCR
   
• Quantitative PCR (qPCR)
   
• CFX
   
• MIC-4

Séquençage

• Séquenceur Sanger

• Pyroséquenceur PSQ96 system (Qiagen)

Séquençage haut débit

• Séquenceur NGS NextSeq 1000 (located at the IREC-MBLG)
   
• Séquenceur MinION

Microarray facilities

• Support à l’élaboration du plan d’expériences microarrays (basse/haute densité)

• Développement de microarrays de basse densité (ADN ou proteines) sur différents types de supports (lames, membranes, circuits électroniques…)

• Réalisation d’expériences microarrays depuis les étapes pré-analytiques jusqu’à l’acquisition d’images et ceci pour tous les types de microdamiers disponibles sur les marché (Affymetrix, Agilent, PamGene, ClinEuroDiag…)

• Analyse biostatistique des données microarrays (génomique, expression…)

Analyse d’expression génique par PCR quantitative

• Design de primer, de sondes et réalisation d’expérience d’expression génique par PCR quantitative.

• Determination des HKG optimals

• Analyse biostatistique (quantification absolue et relative)

Séquençage

• Séquençage/pyroséquençage d’ADN

• Traitement du signal et analyse biostatistique (alignement de séquences…)

Séquençage haut débit

• Séquençage NGS